Alle leden van Federgon vormen samen de Algemene Vergadering, die het hoogste orgaan is binnen de federatie. De prioriteiten van de federatie worden bepaald door de leden van de Algemene vergadering. De opvolging ervan gebeurt door de Raad van Beheer. De Raad van Beheer is bevoegd voor het invullen van het algemeen beleid bepaald door de Algemene Vergadering.

De werking van Federgon wordt versterkt door de Commissies. We onderscheiden 3 soorten van Commissies in de federatie: Sectorale, Thematische en Regionale Commissies.

• De Commissies Uitzendarbeid, Outplacement, Recrutement, Search&Selection, Opleiding, Interim Management, Projectsourcing en Diensten aan Particulieren zijn Sectorale Commissies. Binnen deze Commissies worden de bovengenoemde sectorspecifieke dossiers behandeld.
• In de Thematische Commissies wordt er rond transsectorale thema’s gewerkt. De Commissie Kwaliteit werkt rond de promotie van de kwaliteit van de dienstverlening van de leden. Maar ook ondermeer Loopbaanbegeleiding en Tendering komen aan bod in een specifieke Thematische Commissie die daartoe werd opgericht.
• Ook de regionale aangelegenheden vragen een aparte benadering. Daarvoor bestaan de Regionale Commissies, met name: Commissie Vlaanderen, Commissie Wallonië en Commissie Brussel.

De Commissies zijn samengesteld uit leden die in de betreffende sector, regio, activiteiten uitvoeren of die belangstelling hebben voor het betreffende thema.

Voor het dagelijks beheer en het uitvoeren van de actieplannen staat het gezamenlijk Secretariaat in, onder leiding van de Algemeen Directeur.